Kyholm fungerede som kanonfæstning i krigsårene 1801-14.

På øen blev der i 1831 opført en hel by, der fungerede som karantænestation for pest og kolera-syge.

I perioder boede der 150 mennesker på øen. Kommandanten hed Johan Krüger og regerede øen, indtil stationen blev lukket og nedrevet i 1859.

Der ligger 83 personer begravet på Danmarks ensomste kirkegård.